Als Meilensteine seines Werdegangs bezeichnet Magnus Wagner die Beschäftigungen bei BMW und Bosch. Während des Studiums der Betriebswirtschaftslehre (2000-2006) an der Otto-Friedrich-Universität Bamberg schnupperte er bei dem Autobauer Praxisluft.
Nach einem Praktikum im Werk in Oxford schrieb er am Standort Leipzig seine Diplomarbeit. Im Anschluss begann er als Trainee bei Bosch, wo er innerhalb von sieben Jahren auf verschiedenen Positionen Führungserfahrung sammelte und sich Controlling-Kenntnisse aneignete. Zuletzt war er dort zweieinhalb Jahre Gruppenleiter Plant Controlling Diesel Systems.
Dass Magnus Wagner mit 32 Jahren dann doch zur LIS wechselte, war eine emotionale Entscheidung.
Bei der LIS stieg er 2013 als Projektmanager ein und übernahm 2015 die Leitung der Abteilung. Seit Juni 2018 ist er Co-CEO.